Về cơ chế chứng nhận xuất xứ, theo cam kết, Hiệp định EVFTA cho phép áp dụng cơ chế cấp Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O) (C/O mẫu EUR.1) và cơ chế tự chứng nhận xuất xứ hàng hóa. Tại Việt Nam, thời điểm áp dụng tự chứng nhận xuất xứ do nội luật quy định. Trước khi áp dụng cơ chế này, Việt Nam sẽ thông báo tới EU và ban hành hướng dẫn trong nước.

Cụ thể, đối với hàng hóa xuất khẩu của Việt Nam: Với lô hàng có trị giá dưới 6.000 euro, bất kỳ nhà xuất khẩu nào cũng được phép tự chứng nhận xuất xứ. Với lô hàng có trị giá trên 6.000 euro, áp dụng cơ chế C/O do cơ quan, tổ chức được Bộ Công Thương ủy quyền cấp.

Đối với hàng hóa nhập khẩu vào Việt Nam: Với lô hàng có trị giá dưới 6.000 euro, bất kỳ nhà xuất khẩu nào cũng được phép tự chứng nhận xuất xứ. Với lô hàng có trị giá trên 6.000 euro, chỉ có nhà xuất khẩu đủ điều kiện theo quy định của EU mới được tự chứng nhận xuất xứ.

Cơ chế xác minh xuất xứ trong Hiệp định EVFTA là cơ chế xác minh giữa cơ quan chính phủ và cơ quan chính phủ (G to G), thời gian hai bên phối hợp thực hiện xác minh xuất xứ hồ sơ giấy là 10 tháng.

Trong trường hợp nước nhập khẩu liên tục phát hiện gian lận xuất xứ hàng hóa hoặc nước xuất khẩu thiếu hợp tác, không cho nước nhập khẩu kiểm tra xác minh xuất xứ tại cơ sở sản xuất, hai bên cùng bàn biện pháp khắc phục.

Sau 30 ngày không đạt được đồng thuận, vụ việc được đưa lên Ủy ban thực thi Hiệp định và sau 60 ngày không đạt được biện pháp giải quyết, bên nhập khẩu áp dụng biện pháp tạm dừng ưu đãi. Thời gian áp dụng tạm dừng ưu đãi là 3 tháng và có thể gia hạn thêm 3 tháng.