Về cơ chế TRQ đối với mặt hàng gạo trong Hiệp định EVFTA đầu mối phía EU là đơn vị G.4 (Cây trồng và dầu ô liu) thuộc Tổng cục Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (Arable crops and olive oil, DG Agriculture and Rural Development).
Các lô hàng gạo thơm khi xuất khẩu vào thị trường EU phải tuân thủ theo quy định thực thi của EU về việc mở và tiếp nhận TRQ nhập khẩu cho gạo có xuất xứ từ Việt Nam. Doanh nghiệp sẽ cần xin cấp giấy phép nhập khẩu tại cơ quan có thẩm quyền của nước thành viên và phải nộp một số tiền bảo đảm là 30 Euro/tấn tại thời điểm nộp đơn xin cấp giấy phép.
Trong trường hợp số lượng đăng ký vượt quá số lượng có sẵn theo TRQ cho giai đoạn, EU sẽ cố định một hệ số phân bổ.
Việc mở và tiếp nhận TRQ đối với gạo có xuất xứ từ Việt Nam được qui định tại Quy định thực thi (EU) 2020/991.
Các lô hàng gạo thơm thuộc diện TRQ khi xuất khẩu vào thị trường EU, để được hưởng thuế suất 0% theo hạn ngạch, phải có giấy chứng nhận đúng chủng loại (authenticity certificate) được cấp bởi cơ quan có thẩm quyền của Việt Nam nêu rõ gạo thuộc một trong các chủng loại gạo được hưởng ưu đãi theo TRQ của Hiệp định.
Hiện nay, Bộ NN&PTNT và Bộ Công Thương đang phối hợp xây dựng văn bản hướng dẫn quy trình đăng ký giấy chứng nhận này để ban hành ngay khi Hiệp định EVFTA có hiệu lực.
Đối với các mặt hàng còn lại trong EVFTA, đầu mối phía EU là Tổng cục Thuế và Hải quan (Directorate General Taxation and Customs Union – DG TAXUD). TRQ sẽ được phân bổ và quản lý theo quy định tại Điều 49 đến 54 của Quy định thực thi (EU) 2015/2447.
Theo đó, hàng hóa nhập khẩu vào EU theo cơ chế TRQ sẽ được phân bổ theo cơ chế “doanh nghiệp đăng ký trước thì được cấp hạn ngạch trước” (first-come, first-served), dựa vào ngày mà đơn xin cấp phép nhập khẩu được cơ quan hải quan của EU chấp thuận. EU hiện đang trong quá trình xây dựng văn bản hướng dẫn thực thi các cam kết về TRQ trong Hiệp định EVFTA.