Theo quy định của EU, khi một nước đang được EU cho hưởng cơ chế GSP mà ký kết FTA với EU thì cơ chế GSP sẽ tự động kết thúc.
Tuy nhiên, trong thời gian đầu EVFTA có hiệu lực, thuế quan ưu đãi của EU có thể cao hơn so với mức thuế mà Việt Nam đang được hưởng trong GSP. Chính vì vậy, EU cho phép Việt Nam chuyển đổi từ GSP sang EVFTA với lộ trình 7 năm.
Cụ thể, trong 2 năm đầu tiên kể từ khi EVFTA có hiệu lực, hàng hóa xuất khẩu của Việt Nam sang EU được phép lựa chọn áp dụng một trong hai mức thuế ưu đãi từ GSP hoặc từ EVFTA.
Trường hợp lựa chọn mức thuế ưu đãi của cơ chế nào thì phải đáp ứng quy tắc xuất xứ của cơ chế đó. Ví dụ, doanh nghiệp lựa chọn mức thuế ưu đãi từ GSP thì hàng hóa xuất khẩu phải đáp ứng quy định về quy tắc xuất xứ trong GSP. Tương tự như vậy với Hiệp định EVFTA.
Trong 5 năm tiếp theo, hàng hóa xuất khẩu của Việt Nam sang EU vẫn được phép lựa chọn áp dụng một trong hai mức thuế ưu đãi từ GSP hoặc từ EVFTA. Tuy nhiên, dù áp dụng thuế ưu đãi theo cơ chế nào, hàng hóa xuất khẩu của Việt Nam phải đáp ứng quy định về quy tắc xuất xứ trong Hiệp định EVFTA.
Sau 7 năm kể từ khi Hiệp định EVFTA có hiệu lực, hàng hóa xuất khẩu của Việt Nam sang EU sẽ được hưởng thuế và áp dụng quy tắc xuất xứ hoàn toàn theo Hiệp định EVFTA.